如沁已经不打算计较兰生到底喜欢谁,为他缝制了一件大红喜袍,只求他能与心爱的人白头到老。琴川突然爆发瘟疫,少恭从青玉坛回到琴川,到处分发治疗瘟疫的丹药,百姓们对他赞不绝口。寂桐却觉得事有蹊跷,偷偷检查药箱,发现竟然全是焦冥。寂桐告诉如沁真相,如沁一开始不敢相信,从烛龙之鳞中看到少恭炼制毒药的回忆后不得不信。寂桐让如沁带着烛龙之鳞离开,去找屠苏和兰生求助,如沁却不顾寂桐劝阻,执意要阻止少恭,被少恭以法术软禁在了房间里。如沁把想对兰生说的话寄存在烛龙之鳞中,让百晓生茶小乖带着龙鳞逃走。少恭发现如沁的背叛,十分愤怒,如沁又在惊恐中用剪刀刺了少恭,虽然少恭不会受伤,却火上浇油,一怒之下喂如沁吃下了焦冥。千觞对少恭的所作所为大为震惊,提剑来攻击他,不料千觞早就被少恭下了蛊毒,只要少恭一念,他就浑身无力,根本无法战斗。屠苏、晴雪、兰生赶回琴川,在山路上遇到匆忙逃命的月言和一群妖化的青玉坛弟子。
屠苏消灭众妖化弟子,黑曜突然出现,丧失神智攻击晴雪。他用最后一丝清醒说出欧阳少恭给百姓下毒的事,便气绝身亡。琴川城内,寂桐偷偷放走了千觞,千觞也回想起自己正是幽都巫咸风广陌,当初奉女娲之名去乌蒙灵谷协助韩休宁加固焚寂封印,不料封印尚未完成便遭鬼面人屠村,风广陌也在爆炸中失去记忆。屠苏等人回到琴川,街上的百姓已经全部变成焦冥,兰生看到二姐也在阳光下化为萤火,失声痛哭。少恭出现在众人面前,对杀死琴川百姓之事毫无愧疚,认为这是让他们得到了永生,众人都觉得他疯了。千觞再度出现,刺杀少恭,众人也与少恭大打出手。混战中少恭衣服被划破,露出手臂上的焚寂伤痕,屠苏认出少恭就是当日杀害肈临的鬼面人,更是屠杀乌蒙灵谷的幕后黑手。少恭到了这一步也不需要再隐瞒,便说出自己混入天墉城,就是为了焚寂。屠苏解开多年疑惑,催动煞气欲杀少恭,少恭逃离,让他们到蓬莱相会。
少恭得到完整玉横,力量十分强大,屠苏与晴雪前往幽都向女娲娘娘请教破敌之法。女娲道出太子长琴的往事,原来除了屠苏是焚寂剑里的一半长琴仙灵之外,少恭正是长琴的另一半仙灵,在人间夺舍渡魂千年,已经濒临极限,两人若不融合,少恭便要灰飞烟灭。屠苏身上的仙灵与煞气被封印住了,少恭无法直接夺取,所以只能设下圈套,暗中陷害屠苏。若要阻止少恭,屠苏必须解开封印,获得长琴仙灵的力量,才能与少恭势均力敌。但正如悭臾所说,如果解开封印,等待屠苏的唯一结局便是魂飞魄散,再无轮回。屠苏心中已有决定,与晴雪互相鼓励之后,晴雪送他进入忘川,去见韩休宁的魂魄最后一面。韩休宁在忘川中看不见旁人,却嘱咐屠苏这个外来人去见一个叫韩云溪的男孩,说自己身为母亲对不起他。少恭突然出现在忘川,嘲讽屠苏是偷了自己的仙灵苟延残喘的尸体,威胁他如果让天墉城的人一起前往蓬莱助阵,就在江南散布更大的瘟疫。之后少恭前往东海,将蓬莱岛强行拉出雷云之海,导致海啸泛滥,沿海城镇死伤无数。
尹千觞带兰生襄铃等人来到海边,共同抵御少恭引发的海啸,疏散百姓。屠苏回到天墉城,恳求紫胤撤去身上的封印。紫胤不忍他就此丧命,屠苏却道,心之所向,无惧无悔,只求换得万千生灵一夕太平。紫胤终于解开了封印,但在屠苏下山前要与他比试剑术,作为最后的出师考验。屠苏在战斗中领悟到师尊是在借机传授他最后的绝招——空明幻虚剑,学会此招后两人胜负未分,屠苏却趁交手之机,将紫胤真人旧伤里积累多年的煞气吸收到自己体内,以报答师尊的教养之恩。海啸越来越猛烈,兰生等人渐渐感到吃力,陵越和芙蕖也带着天墉弟子前来帮忙。陵越路遇已经沦落成乞丐的陵端,陵端终于知道了杀害肈临的是欧阳少恭,后悔自己错怪了屠苏。屠苏和晴雪来到海边与众人相会,共同商量对抗少恭的方法。
兰生在如沁死后迅速地长大了,明白自己需要扛起家族产业,不能再任性妄为。人妖殊途,他终于告别了襄铃,决定这一战结束后回去娶月言。陵越隐隐感到屠苏已经解开了封印,知道他此行有去无回,却仍抱着最后的希望,告诉他自己会在三年后继任掌教,到时候要屠苏担任执剑长老。屠苏与所有朋友逐一告别,答应所有人他一定会回来,有的人已经知道他是去赴死,有的人并不知情,但所有人都微笑祝福。最终屠苏、晴雪、兰生、襄铃、千觞一起登上了沦波舟,飞往蓬莱。少恭催动蛊毒控制千觞挟持晴雪,屠苏、兰生、襄铃则在路上遇到了各种拦路的妖魔。
屠苏等人击败化作琴川百姓的幻妖,进入蓬莱遗址。兰生催动烛龙之鳞,看到了少恭与巽芳的过去,深感真正的巽芳温柔贤淑,与素锦假扮的大不相同。这时,真正的巽芳忽然现身,并说出自己就是寂桐的事实,原来当日,少恭是为了与巽芳共同长生,才离开蓬莱,寻找能让自己活下去的方法。可是蓬莱在他离开后毁于一场大灾,巽芳也为了守护蓬莱,重伤毁容,消耗掉了自己的寿命,乌发尽白,变成垂垂老者。老去的巽芳渡海来到中原,意外在海边救下遭遇海难的少恭,从此,她带上面具,化名寂桐守护在少恭身边。巽芳以蓬莱法术帮众人解开路上的机关,众人得以直接进入蓬莱大殿,与少恭对峙。少恭本想以晴雪性命要挟屠苏自刎当场,不料千觞突然摆脱了蛊毒控制向他发动攻击。少恭从大殿中飞出,千觞与屠苏紧追不舍,襄铃和兰生趁机放出了晴雪,五个人一起围攻少恭。