不说苏州范府接到书信严加防范。且说朝廷蔡京王秿等权臣其实早就得知方腊造反情况，故意隐瞒不报粉饰太平取悦徽宗皇帝。工部尚书接直重书信义愤填膺，在早朝直面蔡京之流，“东南方腊谋反已占江南数州几十县，尔等是否要等方贼攻到汴京再上奏皇上？”吏部侍郎方启先也出班相奏，“为天下苍生计当尽早剿灭方贼，免得养虎为患。”徽宗龙颜大怒：“天下还有这等事，欺负朕耳聋眼花还是玩物丧志连自家江山都不要了？”蔡京战战兢兢地说：“事情远非翁婿说的严重，只是一伙毛贼而已，朝廷不必兴师动众伤元气，就像山东梁山的三十六反贼，他们造反目的为了引起皇帝重视盼着皇上诏安弄个一官半职而已。”
徽宗心想，对于辽、夏等国尚且可以拿钱买和平，对付国内的反贼能诏安最好不过了，打仗打得是钱是人的命呀！于是再次选择信任蔡京，对方腊采用抚绥策略。乃与宣和二年十二月二十四日下诏安抚方腊，派使者快马加鞭送往方腊大营。
方腊一心相当皇帝哪把一官半职放在眼里，杀了使者焚烧了诏书，
二十九日，西路军会同方肥、方亳，义军浩浩荡荡包围了大宋王朝的“聚宝盆”杭州。守城将领虽极力顽抗，但挡不住义军蚂蚁似的不要命的顽强攻城，最终也是寡不敌众义军攻克杭州。城破之时诛杀官吏，开仓放粮，四起响应，东南大震。此时方腊领导的义军已达百万之众。
长兴、婺州、处州、越州、温州、台州都有响应，直重感叹：好端端的一个富庶之地被一帮狗官弄得乌烟瘴气到了不可收拾的地步。
这回蔡京想瞒也瞒不住了，徽宗皇帝任命宦官童贯为江淮荆浙宣抚使，遣谭稹、王秉统甩西北禁军精锐十五万南下镇压。又遣熟悉苏州、杭州、歙州、睦州情况的张可侠、方启先随军前行，相机谋略行事。
到了苏州，童贯一行知道市民对生辰纲深恶痛绝民愤极大。张可侠献计，“此去京城路途遥远，往返联络恐失去先机，不妨------”童贯觉得这计可行，“将在外君命有所不受。也就这样吧！”于是命幕僚董其临摹徽宗笔迹写了《罪已诏》：“始闻赃私之吏，借以为民，率多并缘为奸------收买花石，造作之物，限十日结绝”，今后“以供奉为名，因缘科扰，以违御笔论”。并且“罢苏、杭造作局及御前纲运”，“黜勔父子弟侄之在职者”。东南百姓见朝廷取消了花石纲，罢免了朱勔，算是朝廷为百姓出了一口气。
又“下诏”，参与者或被胁从，或为诖误-----情有可矜。稍有功绩即优于推赏。瓦解了不少人的谋反心理。宣和三年正月十八，又挂出赏牌，凡放下武器投降者以“承信郎”官爵和“一千贯”赏金。本来许多民众谋反为吃饱肚子而来，有这等好事何乐而不为？许多人选择了投诚。
邓宝光建议方腊趁胜直取金陵，得到金陵，东南诸路的郡县便可传檄而定，方肥附和。方腊不知出于什么考虑没有采纳。不知大祸临头的方腊在宣和三年正月初二在杭州做出分兵东南郡县的部署：派方肥、方七佛率军十万攻打秀州，以图北上金陵；派大元帅邓宝光回师睦州，向婺州、衢州挺进；自己父子率部开辟南部战场。
正月十五，方肥方七佛以十万之师攻破崇德取得短暂胜利，在秀州城下却遭到童贯领导的官军的顽强抵抗，义军成腹背之势，血战四天伤亡士卒七千余人，没奈何退回杭州驻扎。
二月初一，义军主将洪载率部六万取道松阳攻克处州，趁势分兵龙泉、青田、遂昌，由于兵力过于分散被官兵各个击破，无奈退回处州。处州新上任的婺州通判张良益凭一张三寸不烂之舌威逼利诱劝降了洪载，六万义军尽被瓦解。
十三日，童贯率各路官兵包围了杭州，方腊督令义军死战，经过了惊心动魄的六昼夜，方腊部粮草断绝，外部各路义军想回救杭州被官兵围堵动弹不得。方腊见状思忖下一步打算，只能收束战线往老家睦州方向撤，那里是自己的根据地，地势熟悉，人头熟，粮草准备充裕，足可与官兵周旋数年。
主意打定，义军于十八日开始大肆烧毁官舍、学府、六和塔、灵隐寺，组织敢死队开路不顾一切向睦州方向突围。好一场厮杀，这一战役义军死亡两万余人，官兵则死伤大半，马匹幸存者无多。
而另一路官兵在方启先的筹划下刘镇、杨可思两位名将率部攻陷旌德、宁国，在攻打歙州城时官兵用上了心理战，利用歙州当地百姓信赖爱戴老知府方启先，而部分义军正是当地人。官兵高喊：“方知府回来了，请打开城门迎接方老爷。”方启先任知府期间为民办了不少实事，上奏朝廷减免了不少赋税，在歙州百姓中享有崇高的威望。许多义军听说方知府回来了，纷纷爬上城墙观望，方启先为了减少杀戮也不怕义军射暗箭就站在城墙下面喊话：“义军弟兄们，我知道你们中绝大部分人是不忍官府欺压为了吃饱肚子受人蛊惑而当兵，我方启先对天发誓，只要你们放下武器停止反抗我们就能保证你们的性命，家中的年迈老母，漂亮的老婆，聪明的儿子在等着你们回家呢！”城墙上传来窃窃私语，过一会儿，为头的说话了：“朝廷的狗官不可信，但我们信得过方知府。”
守城头领下令打开城门，方启先夺回了歙州。前来救援的义军八大王见大势已去所率西路军撤退到大本营帮源洞后翼。
方腊如丧家之犬被童贯一路追打，但仍然顽强作战且退且战，从富阳、新登、桐庐，并于三月二十四日撤退到了睦州城。