在狂热的宗教信仰之下，汉族一直以来引以为荣的同化能力根本没有施展的余地，不但没有同化回回，反而被回回同化了。这件事已经引起了朝廷有识之士的注意，徐光启就曾经和朱由校就这事进行过交流。
在徐光启看来，宗教是有它积极的作用的，无论是在构建国民的伦理道德方面，还是在劝人向善方面，都有其不可替代的作用。大明的宗教政策算是很宽松的，虽然道教被定为国教，但朝廷并没有对人们的宗教信仰有任何限制，你想信佛教，或者是天主教，那都没有问题，象徐光启便是天主教徒，并没有任何人觉得首辅信了天主教就会如何如何。
但不管是朱由校还是徐光启，都觉得宗教自由是非常重要的。宗教自由是指你有信某种教的自由，而更重要的是你也有不信教的自由。象和尚道士都可以还俗，这种行为虽然可能会受到一些人的非议，但至少不管是道观佛寺还是官府，都不会阻止你还俗，而且有些还俗的行为还会受到很多人的赞赏。
回回却不同，他们是不能改信别教或者变成不信教的，他们把原本信教的变得不信教称之为叛教便可见其态度。这一点让朱由校很不满意，有些事情你觉得很好，比如你喜欢吃牛肉，你向世人宣扬，希望大家都喜欢吃牛肉，那没有问题。但是因为你觉得牛肉好吃，别人不吃牛肉偏要吃猪肉，你就觉得这不行，应该大家都来吃牛肉，甚至强迫大家一起来吃牛肉，这就有些说不过去了。
所以朝廷便制定了《宗教设施管理办法》，这是第一步，将所有的宗教设施置于大明官府的管理之下，后面还有《宗教管理办法》，规定所有人都有信教和不信教的自由，官府和其他人都不得干涉其信仰宗教或者不信仰宗教。
这对于道教和佛教，其实并没有强调的必要，因为一直以来都是这样。但对于天主教和回回们来说，便有些问题了。所以上次朱由校和金尼阁商量在大明传教问题时，便特意强调，不希望听到天主教徒称呼其他不信教的人为异教徒，在大明宗教绝对不能凌驾于皇权之上，对于大明人来说，信教与弃教都应该有充分的自由。他可不希望在大明出现十字军东征之类的事情。
金尼阁当然爽快地答应了这个条件，总之就是上帝的归上帝，皇帝的归皇帝，两者负责的领域不同。但是对于回回们来说，这就有些难度了，朱由校想到后世那些****的国家，心里下了决心，无论如何，不能让大明变成那样。
所以朝廷修改了大明律，将色目人不得自相嫁娶的这一条去掉，反正在边地这一律令也基本上没人遵守了。这样至少可以减少汉人被色目化的情况，不至于让回回越来越多。
黄汝良来后，张荩臣便将民事交付出去，自己专心练兵和侦查。甘州周围有着瓦刺人，蒙古人，回回与藏人，而地域之争中掺杂着复杂的宗教之争，必须要小心谨慎才行。
现在大明对于甘州的重心并没有放在军事征服上，所以张荩臣只需要先了解当地的各种势力分布，然后不让其它势力攻下甘州即可。
朝廷把更多的精力放在了道路的修建上，从西安到兰州的道路经过朝廷和多任肃王的努力，现在已经算是很不错了，朝廷只需要将道路拓宽，再打上水泥就行了。但兰州到甘州的道路却是个大工程，虽然有五万多俘虏每天忙着修路，但终究工程太大，而且皇帝要求修公路的同时也要把铁路的地基打好，这就进一步加大了修建的难度。张荩臣估计，公路在一年内倒是可以修得差不多，但铁路只怕要五年左右才能修好。
在这个过程中，肃王朱识鋐发挥了极大的作用。这位与皇帝差不多大的王爷是在天启元年袭位的，他平日爱民如子，在兰州的威信较高。他从来不主动干涉当地的军政事宜，但当地的官府和卫所军官都很尊敬他。朱由校让徐光启给他写了一封信，阐述了修筑道路对于兰州，对于整个陕西的重要性。
朱识鋐对于皇帝不是下旨而是让首辅写信给他这件事非常感动，他接信以后，便利用他的威信，在兰州发动了大量的民工，以满足朝廷对人工的需求。而且他让王府管家带头在永登县承包了一座山，建设了一座水泥厂，一座石灰厂。还在河边建设了一座大型的沙石厂。打消了兰州的各个商家对于开办水泥厂和石灰厂的疑虑，使得公路修建过程中的水泥石灰和泥沙的供应压力大大减轻。
朱由校对他的表现非常满意，赏赐了他十辆自行车，两箱香皂，两箱玻璃镜，并将兰州的高等学堂命名为肃王学堂，以表扬他所做的贡献。
而在报纸上专门刊登了一篇介绍肃王的文章，从第一代肃王朱楧率甘州中护卫移藩兰县（兰州），以三分军士守城，七分军士屯田，加之东南诸省移民不断移兰屯垦，兴修水利，促进经济发展，人口增殖讲起，再到当代肃王为了朝廷的交通事业，亲自召集民工，开办水泥厂和泥沙厂，使得兰州的公路建设得以顺利进行。高度赞扬了历代肃王对朝廷忠心耿耿，爱民如子，并称之为各地藩王的表率。
这篇报道给其它各个藩王敲响了一记警钟，皇帝需要的是听话的藩王，是能够帮助朝廷的藩王，象肃王一样为朝廷效力，而不是紧守着自己的封地作威作福，才是皇帝希望看到的藩王样子。
这对于其他的藩王的触动很快就体现了出来，以福王带头，其他藩王都在自己的领地里召集了一些无业游民，将他们一古脑地送到了甘州，以充实当地的基建队伍，安甘公路的修建人力有了充足的保证。